函館バスにおける特殊路線を紹介する（なお，経由地は主要な停留所を表記した）。
・⇔は往復運行あり，⇒は片道運行のみ をそれぞれ表している。
・2019年4月1日より系統番号は変更となったが，旧系統番号もあわせて表記した。
・函館駅前停車の系統は，わかりやすくするために乗り場（①や②など）の表記も加えている。

1系統 〈函館山登山バス〉　※函館山登山道路が開通されている期間のみ
・函館駅前④⇔函館山山頂
※以前は「函館駅前④⇔函館国際ホテル前⇔明治館前⇔十字街⇔函館山山頂（※ラビスタ函館ベイ前は復路のみ停車）」であったが，のちに函館山山頂まで直通となった。
※悪天候の場合は運休になることもある。
※市内3つの営業所それぞれが担当している。

2系統 〈函館山ロープウェイ接続バス〉　※平日・土日祝日共通ダイヤ
・函館駅前④⇔函館国際ホテル前⇔明治館前⇔十字街⇔ロープウェイ前
※ロープウェイが運休の場合はあわせて運休となる。
※日吉営業所や昭和営業所が担当している。

3系統 〈元町・ベイエリア周遊号〉　※平日・土日祝日共通ダイヤ
・函館駅前④⇒函館国際ホテル⇒明治館前⇒十字街⇒ロープウェイ前⇒元町⇒ラッキーピエロベイエリア本店前⇒明治館前⇒函館国際ホテル⇒センチュリーマリーナ函館⇒函館駅前④
※夏期と冬期では運行間隔がそれぞれ異なっている。
※函館営業所が担当している。
〈※元町・ベイエリア周遊号の前は レクサ元町 として運行していた〉

5系統 〈五稜郭タワー・トラピスチヌシャトルバス〉　※平日・土日祝日共通ダイヤ
・函館駅前④⇔五稜郭タワー前⇔湯の川温泉⇔函館空港⇔トラピスチヌ前
※2025年4月より函館営業所も再び加わり，市内3つの営業所それぞれが担当している。
※以前は「函館駅前④⇔五稜郭タワー前⇔湯倉神社前⇔トラピスチヌ前⇔函館空港」の経路であった。

5A系統 　※土日祝日のみ
・函館駅前④⇔五稜郭タワー前⇔湯の川温泉⇔函館空港⇔函館牛乳あいす118
※コロナ以降運休となっていたが，2025年4月より復活。函館営業所が担当。

5B系統　※平日・土日祝日共通ダイヤ
・函館駅前④⇔五稜郭タワー前
※コロナ以降運休となっていたが，2025年4月より復活。函館営業所と日吉営業所が担当。
※以前は土日祝日のみの運行であった。

9系統 〈お元気バス／谷地頭号〉　※1日1本（月・金曜日のみ）
・愛宕団地⇔船見町⇔高龍寺前⇔公会堂前⇔宝来町⇔青柳町⇔谷地頭温泉
※函館営業所が担当している。