函館バスの車番は3桁もしくは4桁の数字に所属営業所や出張所を示すアルファベットが表記されている。アルファベットに関しては，T（函館営業所），S（昭和営業所），H（日吉営業所），E（江差営業所），K（北桧山出張所），SK（鹿部出張所），SR（知内出張所），M（松前出張所）をそれぞれ表している。数字に関しては，基本的に4桁の表記になっているが，函館市営バスからの引継車（既に全廃）および市営バス路線に運用するために導入した車両（H301・H302・H303・H304・H305・S306・S307・S308・T309・S310・S311、S401・S402・H403・H404）15台は3桁の表記となっている。なお，3桁の百の位と4桁の千の位はメーカー名を表し，1がいすゞ車，2は日野車，3は三菱ふそう車，4桁は日産ディーゼル車をそれぞれ表記している。また，3桁表記の下2桁と4桁表記の下3桁は固有番号であり，メーカーごとに購入順に付番されるため，新車と中古車が混在している。
（市営バス引継車は当初，三菱ふそう車が100番台を日野車が200番台を踏襲していたが，三菱ふそう車は移管する際に市営バス時代に踏襲していた番号に250を足して函館バスに移管された）