1944年6月1日に，戦時下の事業者統合で道南自動車など14社が統合し，函館乗合自動車株式会社として創業。1951年7月3日に今の函館バスに改称した。1957年10月に東急グループに入り（のち2004年4月に脱退）路線網を構築していく。しかし，1980年以降はマイカーの普及にともない輸送人員が減少していき，現在は特に郡部でその傾向は顕著である。その一方で，函館市交通局（いわゆる函館市営バス）がバスを移管する計画にともない，2001年4月～2003年4月までに市営バス全路線の移管を受け，函館地区ならびに道南全域を受け持つ企業となった。
乗合バスは，函館市を中心に北は長万部から南は松前まで渡島半島全域（ただし奥尻島を除く）を走っている。なお函館バスは市内に3つの営業所（函館・昭和・日吉）と郊外に1つの営業所（江差），4つの出張所（北桧山・鹿部・知内・松前）があり，函館営業所は鹿部・知内・松前を，江差営業所は北桧山をそれぞれ管理している。また，2014年に創立70周年を迎え，2017年3月25日からは交通系ICカード（名称：イカすニモカ）でも乗車できるようになり，貸切車を除く全ての車両がそれに対応している。さらに，2019年4月1日より函館市営バス移管以降，複雑であった系統番号を再編し，郊外路線全てにも系統番号を割り振るなど，観光客にもよりわかりやすいものとなった。しかし，コロナ禍により経営状況も厳しくなり，2022年に森出張所が閉所されるなどの出来事もあった。
2020年4月1日よりバスカード（名称：イカすカード）が使用不可となった。
なお，全国における，ノンステップバス導入率が高い事業者で全国17位（※平成30年時点）となり，今後もより一層のサービス向上を目指していく。